Institusional Support System (ISS) MBKM atau sistem pengelolaan pelaksanaan Kampus Merdeka pada tingkat institusi dapat dikategorikan berhasil melalui indikator yang telah ditentukan. Indikator-indikator tersebut yaitu adanya peraturan Perguruan Tinggi, ketersediaan panduan implementasi MBKM, Jumlah mahasiswa program studi sarjana dengan pengalaman 20 sks di luar perguruan tinggi dengan biaya baik dari PK-KM ataupun dari Institusi untuk Program MBKM. Indikator lainnya yaitu jumlah program studi sarjana yang menjalankan Program MBKM, jumlah mitra kerjasama Program MBKM yang efektif, serta Keberadaan sistem informasi yang terpadu dengan sistem informasi akademik perguruan tinggi.
UNISA Yogyakarta melalui Tim Task Force PK-KM 2022, mengadakan workshop panduan dan sistem pengelolaan implementasi program kegiatan MBKM, Institusional Support System MBKM, PK-KM Liga 2 Tahun Anggaran 2022 selama 3 hari di Grand Rohan Yogyakarta. Workshop hari pertama di mulai dengan pemaparan Evaluasi Implementasi MBKM oleh Ka. BPP (Biro Perencanaan dan Pengembangan) sekaligus Ketua Tim Task Force PK-KM 2022 Dr. Sulistyaningsih, M.Kes., M.H.Kes. Evaluasi meliputi tahap persiapan, pelaksanaan, serta luaran yang dihasilkan dari MBKM.
